в сервисе cloudflare изначально ты прописываешь свой домен и все поддомены , ну или же это делаешь через * если у тебя есть собственный сертификат. Если у тебя сайт работает на поддоменах то при заходе на основной домен сразу перебрасывает на поддомен, а если ты удалишь А запись домена то никто не сможет зайти на основной домен только на поддомены